Метод широко используется в диагностических и лечебных целях в терапии, хирургии, гастроэнтерологии, пульмонологии, урологии, гинекологии и других областях медицины.
В современных эндоскопах применяется волоконная оптика, позволяющая получать истинное, неискаженное изображение внутренней поверхности органа. Они также делают возможным проведение лечебно — диагностических манипуляций: взятие материала для гистологического исследования (биопсия), удаление инородного тела или полипа (полипэктомия); с помощью специальных устройств можно проверить проходимость впадающего в данный орган протока (например, общего желчного протока при дуоденоскопии − исследовании двенадцатиперстной кишки), прижечь язву, остановить кровотечение из мелкого сосуда и т. д.